Rễ phát triển nằm ngang, rễ cọc không rõ rệt, rễ cám có nhiều rễ cộng sinh.

Hoa ra mùa xuân (tháng 2,3), nón quả hình viên chuỳ dài 5-10cm, chín tháng 11,12 năm sau. Khi chín, hạt tách ra, có cánh dài 1-2cm để phát tán. Nón quả không rụng.

 Đặc điểm sinh thái, lâm sinh

Cây ưa đất chua hoặc ít chua, có thành phần cơ giới trung bình, thoát nước tốt. Chịu được đất nghèo xấu, có nhiều đá hoặc kết vón, không chịu được đất sét nặng úng nước và bị glây hoá mạnh.

Cây ưa ánh sáng mạnh từ lúc còn non đến lúc trưởng thành. Tái sinh hạt tự nhiên rất nhanh sau khi khai thác, hoặc sau nương rẫy như cây tiên phong, không tái sinh chồi.

Sinh trưởng nhanh, tuổi non mỗi năm tăng 1m chiều cao, 1cm đường kính. Lượng tăng trưởng bình quân đạt 7-10m³/ha/năm ở rừng thuần loài.

Hạn chế đáng chú ý nhất là cây con dễ bị nhiễm bệnh lở cổ rễ và rơm lá ở giai đoạn vườn ươm, bệnh đuôi chồn ở giai đoạn rừng non và dễ bị cháy rừng trong mùa khô.

 Phân bố

Thông ba lá mọc tự nhiên trên các vùng núi cao nhiệt đới (ấn Độ, Miến Điện, Thái Lan, Trung Quốc, Lào, Việt Nam, Philipin).

ở Việt Nam chúng mọc thành quần thụ thuần loài hoặc hỗn loài với thông nhựa, du sam và một số cây lá rộng khác phân bố tập trung ở Hà Giang, Yên Bái, Lai Châu, Kontum và nhiều nhất là ở Lâm Đồng. Độ cao tuyệt đối 500-1000m, riêng Lâm Đồng từ 900-2500m, nhiệt độ trung bình 18-20⁰C, có nơi 25⁰C. ẩm độ tương đối trên 70%. Lượng mưa từ 1500 - 3000mm/năm.

ở Lâm Đồng thông ba lá mọc trên các loại đất feralit màu đỏ vàng hoặc nâu đỏ trên granit, phiến sét, axit và badan, có tầng dày ít chua và thoát nước tốt.